Von Naturwissenschaften wie Biologie, Chemie und Physik bis hin zu Technik, Informatik und Mathematik bietet Jugend forscht ein breites Spektrum an Fachgebieten. Auch Themen wie Umwelt- und Geowissenschaften, Arbeitswelt oder Medizin können bearbeitet werden. Vom Wettbewerb Jugend forscht ausgeschlossen sind rein sozial-, wirtschafts- oder geisteswissenschaftliche Projekte.
Insgesamt ist die Teilnahme in sieben verschiedenen Fachgebieten möglich. Entscheidend für die Zuordnung eines Projekts zu einem Fachgebiet ist der inhaltliche Schwerpunkt der Forschungsarbeit bzw. die eingesetzten Methoden. Die Zuordnung im Rahmen der Anmeldung kann von Jurymitgliedern sowie den Wettbewerbsleitungen während des Wettbewerbs in Absprache mit den Teilnehmenden verändert werden.